La Procession Nocturne se déroule en trois moments aisément repérables.

Tout commence dans un climat mystérieux et inquiet, empreint d’un douloureux chromatisme. Un premier thème évoque très fortement le Prélude du drame lyrique Tristan et Isolde de Wagner et dépeint le désespoir de Faust, errant seul dans la nuit avec son cheval noir. À mesure qu’il s’enfonce dans la forêt, ses doutes l’assaillent, sa souffrance s’accroît et, malgré l’approche du printemps, il reste insensible à la beauté de la nature. Rabaud exprime les sombres pensées de Faust en répétant inlassablement le thème « tristanesque » et en introduisant deux autres thèmes, l’un doucement mélancolique au hautbois, l’autre violemment désespéré aux violoncelles.

Soudain, Faust aperçoit une clarté qui illumine là-bas la forêt. Il s’agit d’une procession de pèlerins, qui célèbrent de nuit la fête de la Saint-Jean. Faust se cache derrière le feuillage et contemple ce long cortège d’enfants, de jeunes filles, de vieillards, et envie avec amertume leur bonheur. L’opposition entre Faust et les pèlerins est très nettement exprimée, dans la tradition romantique : aux thèmes chromatiques du début succède un chant religieux, un choral inventé par le compositeur. Le passage de la procession est suggéré par une écriture en canon, forme que l’on retrouve couramment dans la musique religieuse ancienne. Après un point culminant où tous les vents énoncent le choral fortissimo, la procession s’éloigne et disparaît dans les ténèbres.

La troisième partie s’ouvre alors sur le cri de Faust, qui pleure de brûlantes larmes, les plus amères qu’il ait versées. Après un long silence, les thèmes chromatiques de la première partie sont repris et exposés par tout l’orchestre, dans un élan lyrique et désespéré, avant que Faust ne s’apaise et que la conclusion n’évoque le rachat du pécheur.