Né le 5 septembre 1960 à Fort-de-France (Martinique), Mario Canonge ne se met au piano qu’à l’adolescence, sur un instrument possédé par sa grand-mère. Ses premières expériences se font à l’orgue de l’église Sainte-Thérèse de Fort-de-France et auprès de la chorale du François, commune du sud de la Martinique, avec laquelle il vient pour la première fois en métropole, en 1977. Deux ans plus tard, il s’installe à Paris dans l’intention d’entreprendre des études d’ingénieur du son. Marqué par les exemples de ses aînés, Marius Cultier et Alain Jean-Marie, il travaille à synthétiser son attachement à la musique antillaise avec la liberté d’improvisation et la sophistication harmonique propres au jazz, révélées par l’écoute de Bill Evans et Keith Jarrett. Partageant son temps entre les Antilles et Paris, il est impliqué dans des groupes comme Fal frett ou La Manigua mais c’est surtout au sein d’Ultramarine, fondé avec le guitariste Nguyên Lê en 1983 qu’il se fait connaître. Formation-phare d’une époque qui prophétise la « sono mondiale », Ultramarine offre un exemple de cosmopolitisme musical qui doit sa richesse à l’arrière-plan culturel très divers de ses membres (Afrique, Antilles, Europe, Asie). Le groupe enregistre trois albums entre 1988 et 1991 qui font date dans l’avènement en France de ce jazz-fusion riche de rythmes et de couleurs.

Sollicité comme accompagnateur tant par Dee Dee Bridgewater que Nicole Croisille, et restant très impliqué dans la communauté des musiciens antillais (il créé le groupe de zouk Sakiyo avec le bassiste Michel Alibo et appartient au Grand Méchant Zouk réuni par Jacob Desvarieux), il affirme progressivement une carrière en son nom avec la publication, en 1992, de l’album Retour aux sources dans lequel il revient aux traditionnelles biguines et mazurka, suivi de Trait d’union qui s’élargit à d’autres rythmes des Caraïbes comme la salsa, le calypso ou le kompa haïtien. Il noue une association durable avec le chanteur Ralph Thamar (du groupe Malavoi) avec qui il cosigne un hommage à Marius Cultier. En 1995, Arômes caraïbes offre un nouvel exemple de relecture de la musique afro-caribéenne auquel participent plusieurs jazzmen tels que Sylvain Luc (guitare), Stefano Di Battista (saxophone), Flavio Boltro (trompette) et Jacques Bolognesi (accordéon, trombone).

Emblématique du renouveau de la musique antillaise, décomplexée de tout folklorisme et affirmant sa créolité par des emprunts à différentes traditions musicales, Mario Canonge apparaît comme l’un des principaux artisans du jazz caribéen. Disque après disque, il s’efforce d’illustrer la richesse rythmique de la musique des Antilles, inspiré dans son approche polyrythmique par la réflexion de Wynton Marsalis sur le swing à partir de mètres impairs. Préfacé par l’écrivain Patrick Chamoiseau, son Punch en musique enregistré en trio (1999) montre qu’il est aussi le gardien d’un patrimoine de mélodies anciennes. Avec sa trentaine d’invités, Carte blanche, en revanche, tente de dresser un panorama de l’actualité des musiques caribéennes vu depuis la Martinique. Impliqué dans les groupes Chic Hot (créé avec le bassiste Etienne Mbappé en 1996) et Sakésho (auquel s’intègrent les steel-drums d’Andy Narell) très actif aux États-Unis et dans les Caraïbes, Mario Canonge collabore également avec plusieurs personnalités de la musique africaine comme Henri Dikongué ou Manu Dibango, s’inscrivant dans une vision ouvertement métissée de la musique. Il participe à l’album M’Bizo, hommage du World Saxophone Quartet à la lutte du peuple sud-africain.

En 2004, le pianiste fait paraître l’album Rhizome, enregistré à New York avec des musiciens résidant sur place comme le trompettiste Roy Hargrove ou le saxophoniste guadeloupéen Jacques Schwarz-Bart. Il y affirme un recentrage sur le jazz, délaissant les formes traditionnelles au profit d’un matériau original, sur lequel il entend affirmer sa personnalité d’improvisateur. Cette expérience trouve des prolongements sur scène dans un trio formé avec le bassiste Linley Marthe et le batteur Chander Sardjoe (2007) et dans les dialogues qu’il mène en tête-à-tête avec le contrebassiste Michel Zenino (résidence au club Baiser salé) ou bien avec son confrère et source d’inspiration, le pianiste guadeloupéen Alain Jean-Marie, avec qui il partage un amour indéfectible pour la musique de Thelonious Monk.